Kostel

Archeologické výzkumy, prováděné v uplynulých letech, prokázaly na místě dnešního kostela původní dřevěnou zástavbu kůlových domů, datovanou do 12. století.

Na tomtéž místě pak byla počátkem 13. století vystavěna svatyně, jejíž základy byly odkryty pod chórem dnešního kostela a pod Mikulášskou kaplí. Měla podélný tvar a byla zakončena apsidou. Budování nynějšího kostela sv. Jana Křtitele bylo zahájeno po polovině 13. století. Z této stavební etapy, řadící objekt k nejstarším architektonickým památkám ve městě, se dodnes dochoval závěr jižní boční lodi, dispozice hlavní lodi a půlkruhová arkáda mezi nimi, které odkazují k tvorbě cisterciáckých hutí ve stylu tzv. písecko-zvíkovské gotiky.

Kostel byl původně zamýšlen jako bazilikální trojlodí, severní boční loď však nebyla postavena. Před rokem 1320 dostal svatyni řád minoritů, který stavbu dokončil kolem poloviny 14. století. Z této doby také pochází nejhodnotnější část malířské výzdoby interiérů. Prostor hlavní lodi byl uzavřen plochým trámovým stropem, zaklenutí pozdně gotickou hvězdovou klenbou bylo provedeno ke konci 15. století.

Stavební činnost v areálu však pokračovala dále. Na jižním boku kněžiště vznikla v šedesátých letech 14. století kaple sv. Mikuláše, zaklenutá obkročnou klenbou na středový sloup a na východní straně otevřená do vlastního malého presbyteria. Kaple bývá považována za přímou předchůdkyni jihočeských dvoulodních kostelů a význačné dílo vrcholné gotiky.

Na počátku 17. století byl presbytář kostela vybaven novými pozdně renesančními lavicemi, o století později byly pořízeny nové barokní lavice také do hlavní lodi. Ve druhé polovině 17. století byl do kostela nainstalován hlavní oltář a začátkem století následujícího kazatelna se starší sochou sv. Jana Křtitele. Po zrušení jezuitského řádu sem byly přeneseny boční oltáře z kaple sv. Máří Magdaleny, zasvěcené sv. Františku Xaverskému a sv. Ignáci z Loyoly, vystaveném v expozici církevního umění.

V interiéru se nachází řada náhrobních kamenů, nejcennějším z nich je gotický náhrobek Magdaleny z Gleichenu z roku 1492 a renesanční náhrobky pánů Španovských z Lisova.
 

Klášter

Budova minoritského kláštera přiléhá k severní straně kostela sv. Jana Křtitele. Centrální rajský dvůr obepíná křížová chodba, zaklenutá žebrovými klenbami pozdně gotického původu. Klášterní ambit vypadal zpočátku méně výstavně, neboť měl, podobně jako hlavní chrámová loď, jen plochý trámový strop. Roku 1369 byla na přestavbu ambitu uzavřena smlouva se staviteli kláštera v Třeboni, mistrem Mikulášem a Ondřejem, kteří vystavěli jeho architektonicky nejhodnotnější východní stranu. Z té se vchází do tzv. Soukenická kaple, původně klášterní kapitulní síně, sklenuté na středový sloup. . Ve druhé polovině 15. století proběhly další stavební úpravy, jejichž součástí se stala i bohatá výzdoba stěn klášterního ambitu. Nejstarší fresky vznikly ještě před pozdně gotickými úpravami, které je částečně poškodily. Lépe zachovalé a rozsáhlejší malby z pozdějších období jsou rozptýleny po celém obvodu křížové chodby.

Po odchodu minoritů po polovině 16. století nechal Jáchym z Hradce přistavět ke klášteru na západní straně budovu špitálu, která má v přízemí dva velkolepé renesanční sály. Další historie objektů kláštera již nebyla, kromě přístavby barokní kaple v rohu mezi severním a východním křídlem křížové chodby, příliš významná. Areál prošel několika požáry, budovy postupně chátraly a sloužily především špitálu, později také jako turistická ubytovna. Na konci 20. a prvních letech nynějšího století prošel celý komplex nákladnou rekonstrukcí, v současné době slouží Muzeu Jindřichohradecka.