Sbírky představují soubor artefaktů od pravěku po novověk. Jedná se především o kamenné nástroje, dále užitkovou a technickou keramiku. K nejzajímavějším patří reliéfní komorové kachle a kolekce 50 nádob z výzkumu Masarykova náměstí v Jindřichově Hradci r. 2006.