Archeologická sbírka Muzea Jindřichohradecka je tvořena artefakty pocházejícími především z oblasti Jindřichohradecka, Třeboňska, Slavonicka a Třeboňska. Sbírkové předměty reflektují osídlení zdejšího regionu od pravěku přes raný a vrcholný středověk až po dobu novověku. Stará archeologická sbírka zahrnuje nálezy učiněné v 19. století průkopníkem archeologie na Jindřichohradecku Jindřichem Richlým a jeho současníky. Mezi těmito nálezy vyniká například soubor nálezů z raně středověkého sídliště v Radouňce u Jindřichova Hradce obsahující mimo četných fragmentů keramiky i předměty ze železa a drobný kostěný hřeben. Sbírka obsahuje též množství keramických nádob a komorových reliéfních kachlů získaných během různých stavebních aktivit v regionu během 1. poloviny 20. století. Novější část sbírky odráží archeologické výzkumy prováděné Muzeem Jindřichohradecka v posledních letech až desetiletích. Unikátní je například rozsáhlý vrcholně středověký soubor keramických nádob, skleněných číší, dřevěných nádob a výrobků z usně pocházející z výzkumu odpadní jímky na Masarykově náměstí v Jindřichově Hradci. Z artefaktů pravěkého stáří vyčnívají především dvě měděné sekerky datované do eneolitu (pozdní doba kamenná), jejichž výskyt je v rámci jižních Čech ojedinělý.