Minoritský klášter, jehož počátky sahají do 14. století, se nachází při severní straně kostela. Jeho nejhodnotnější částí je východní strana křížové chodby a tzv. Soukenická kaple, původně kapitulní síň, sklenutá na středový sloup. Stavební úpravy ostatních částí ambitu probíhaly do konce 15. století, z této doby pocházejí nejstarší nástěnné malby. Od 2. poloviny 16. století sloužila budova kláštera, k níž byly přistavěny dva velkolepé renesanční sály, jako špitál.
