Das Museum von Jindřichův Hradec /Neuhaus/ wurde als städtisches Museum im Jahre 1882 gegründet. Zwei Jahre später wurden seine Statuten verabschiedet und die erste Ausstellung in den Räumlichkeiten des Schlossarchivs für die Öffentlichkeit zugänglich gemacht. Im Jahre 1888 übersiedelten die Sammlungen in ein Gebäude am Zakostelecké náměstí, vier Jahre später dann ins Gemeindehaus “Na váze” /An der Waage/ in der Panská Straße /Herrengasse/. Von 1898 – 1927 befand sich das Museum im Gebäude der ehemaligen Fleischbänke. Dort wurden die Museumssammlungen in 30 Jahren von ca. 18 tausend Besuchern besichtigt.
Dies macht ca. ein Viertel der jetzigen Besucherzahl aus. 1928 wurden im Renaissancegebäude des ehemaligen Jesuitenseminars am Balbín Platz neue Ausstellungsräume eröffnet. Dort befinden sie sich heute noch. Im Jahre 1935 gewann das Museum sein attraktivstes Exponat, die Krýzas Weihnachtskrippe.
Im Jahre 1951 bekam das Neuhauser Museum den Status eines Bezirksmuseums, den es mit Ausnahme der Jahre 1963-64 bis zum Jahre 2003 behielt, als der der Südböhmische Kreis Museumsträger wurde. Seither ist es Museum der Region Jindřichohradecko.
Seit den 80. Jahren des vorigen Jahrhunderts verwaltet das Museum auch den umfangreichen Komplex der Kirche Johannes des Täufers und des ehemaligen Minoritenklosters in der Štítného Straße. Es wurde in den letzten Jahren umfassend saniert. Zurzeit sind auf dem Museumsgelände Arbeitsstätten, eine Bibliothek samt Forschungsraum, ein Konferenzsaal, Ausstellungsräume und Sammlungen untergebracht. In den musealen Sammlungen befinden sich mehr als fünfzigtausend Positionen, die über 100 tausend Exponate von einer außerordentlichen historischen, künstlerischen und dokumentarischen Qualität enthalten.
